La acusación cuestionó la administración y control de la Universidad Nacional en lo que respecta a la asignación de salarios para su cuerpo docente y la utilización de los recursos. Como el sueldo de Manuel Patarroyo que no ha dictado clases hace mucho tiempo.

De acuerdo con informes de la revista Raya, Manuel Elkin Patarroyo estaría recibiendo un sueldo mensual de más de 48 millones de pesos, a pesar de no haber impartido clases durante más de dos décadas. La investigación del medio de comunicación reveló que, aunque está registrado en la lista de profesores de tiempo completo en la facultad de Medicina de la institución universitaria, Patarroyo ha delegado sus tareas docentes en labores administrativas e investigativas, principalmente como director de la Fundación Instituto de Inmunología de Colombia.

Según la acusación, esta situación va en contra del propósito principal de su nombramiento, que debería ser la instrucción y preparación de nuevos profesionales en su campo. En la lista de salarios de los profesores que reciben los ingresos más altos, el científico Manuel Elkin Patarroyo ocupa el quinto lugar, con un salario de $49.385.476 y una bonificación adicional de $913.155. Sin embargo, Patarroyo no es el único profesor de tiempo completo en la Universidad Nacional que recibe un salario elevado, ya que hay salarios de hasta $65.028.102, con una bonificación de $1.202.393, que superan el suyo en la lista.